در مكتب جعفري تفسير بر اين سبك بوده كه يك راوي حديث با مرد فقيه و متكلم و حكيم و طبيب و غيره مي آمدند از تفسير آيه ي مي پرسيدند و حضرت صادق عليه السلام آن آيه را تفسير مي فرمود بيشتر آياتي كه مورد عنايت امام ششم در تفسير بود آياتي است كه بني اميه و منحرفين از اهل بيت پيغمبر صلي الله عليه و آله و سلم تفسير به رأي خود كرده اند و آن حقيقت امر را كتمان نموده بودند و به تمايلات و مصالح سياسي خود فقها و قضاتي را كه سرمايه علمي آنها هم معمولا زياد نبود انتخاب به مقام رسمي قضاوت و فقاهت مي كردند و آنها را بزرگ مي نمودند آنگاه مطلوب خود را در تفسير از آنها مي خواستند و قهرا در اين قسمت علماي درباري هميشه قرآن و حديث را طبق سياست مطلوب عصر تفسير مي نمودند نه طبق حقيقت نازله قرآن كه مبتني بر علل و اسباب وحي بود و لذا امام جعفر صادق عليه السلام از جدش رسول خدا (ص) احاديثي درباره كساني كه تفسير به رأي خود كنند تعليم فرموده و عواقب وخيم اين كار را كه از رو به آتش جهنم مي افتند و پس از اين تهديد آسماني تفسير را از جدش رسول خدا روي مباني محكم علل و اسباب نزول مي آموخت چنانچه حافظ عبدالعزيز بن اخضر جنابذي «گنابادي» در معالم العترة از حضرت صادق عليه السلام روايت كرده كه پرسيدند تفسير اين آيه كريمه اتقوا الله و كونوا مع الصادقين چيست؟

حضرت فرمود انهما محمد و علي امام (ع) صادقين محمد و علي بودند كه هيچ كس از آنها دروغي در تمام عمرشان نشنيده است.

ابن شهرآشوب در مناقب روايت مي كند كه حسن بن صالح ابن حي وارد بر حضرت صادق عليه السلام شد پرسيد - يابن رسول الله ما تقول في قوله تعالي.

«اطيعوا الله و اطيعوا الرسول و اولي الامر منكم» من اولوا الامر الذين امر الله بطاعتهم.

اطاعت كنيد خدا را و اطاعت كنيد رسول خدا را و صاحب امر و فرمان را كه امير شما مي باشد -؟ گفت آن فرماندار كه اطاعتش پيوسته به اطاعت خدا و رسول است كيست؟

قال العلماء - فرمود علماء هستند رفت و برگشت گفت كدام طبقه علماء فرمود
علمائي كه راسخ در علم هستند و مراد ما اهل بيت پيغمبر (ص) مي باشيم.

ابونعيم اصفهاني در حلية الاولياء خودش از جعفر بن محمد عليه السلام در تفسير اين آيه كريمه كه مي فرمايد ان في ذلك لآيات للمتوسمين منظور از متوسمين كيست فرمود معني متوسمين متفرسين است آنها كه فراست و زيركي و فطانت دارند.

ابن حجر در الصواعق المحرقه مي نويسد: ثعلبي در تفسير خود از امام جعفر صادق (ع) نقل كرده كه فرمود نحن حبل الله الذي قال الله فيه و اعتصموا بحبل الله جميعا و لا تفرقوا ما حبل و رشته متصل به حق هستيم كه هر كس به ما متوسل شود رستگار است و درباره ما امر فرموده كه همه به حبل الله چنگ بزنيد و تمركز يابيد و متفرق نشويد تا فائز و سعادتمند گرديد.

حسن بن علي بن شعبه در تحف العقول نقل مي كند كه در تفسير آيه كريمه و اتقوا الله حق تقاته فرمود يعطي و لا يعصي يعني تقواي شايسته آن است كه اطاعت كند و معصيت ننمايد و يذكر فلا ينسي هميشه خدا را ياد كند و هيچ گاه او را فراموش ننمايد و يشكر فلا يكفر شكر خدا را كند و كفران ننمايد.

شيخ صدوق (ره) در معاني الاخبار به سند خودش از حسن بن علي عسكري از حضرت صادق عليه السلام روايت مي كند كه در معني اهدنا الصراط المستقيم مي گفت ارشدنا الي الصراط المستقيم و ارشدنا الي الطريق المودي الي محبتك و المبلغ الي دينك و المانع من ان نتبع اهواءنا فنعطب او ناخذ بآرائنا فنهلك.

پروردگارا ما را ارشاد راه مستقيمي كن و ارشاد به راهي كه متصل به دوستي تو شود و بدين مورد قبول تو برسد و مانع از پيروي هوا و هوس گردد كه مورد عتاب واقع شويم يا براي خود باشد كه سبب هلاكت ما گردد.

به قدري در تفسير اهل بيت از امام صادق عليه السلام حديث نقل شده است كه شايد به تنهائي مساوي با تمام ائمه ديگر باشد هم از جهت طول زمان امامت و هم از جهت رواة زيادي كه در اين مدت نقل حديث كرده اند و بهترين شاهد گفتار تفسير تبيان - مجمع البيان - صافي - ابوالفتوح رازي - تفسير ملا فتح الله و غيره است و همچنين كتب احاديث و اخبار اهل بيت مملو از اين تفاسير است.