جابر در كتاب الرحمه خود باز چنين مي گويد:

قال لي سيدي يا جابر فقلت لبيك يا سيدي فقال هذه الكتب التي صنعتها جميعا و ذكرت فيها الصفه و فصلتها فصولا و ذكرت فيها من المذاهب و آراء الناس و ذكرت الابواب و خصصت كل كتاب...

مي گويد استاد و سيد و آقاي من فرموده اي جابر عرض كردم لبيك يا سيدي فرمود اين كتبي كه تو در آن عمل مي كني در آن فصولي بنويس و آراء و مذاهب را نقل كن و ابوابي براي آن بنويس - آنگاه مي گويد:

ثم وصفت كتبا كثيره في المعادن و العقاقير فتحير الطلاب

جابر اصولي كه امام عليه السلام براي او بيان فرموده بود به فصول و ابواب و عناوين خاصي تقسيم كرده و كتاب معادن - عقاقير - احجار و غيره را نگاشته و طلاب از كار او متحير مانده و او را به استغفار واداشته.

باز مي گويد من همه جريان كارم را خدمت استاد بزرگوارم عرض مي كردم مرا به يك عمل سهل و آساني هدايت فرموده و متذكر گرديد كه مردم ممكن است تو را تكفير در اين كار كنند.

فقلت يا سيداشرعلي، اي الباب اذكر فقال (ع) ما رايت لك بابا تماما مفردا الا رموزا مدغمه في جميع كتبك مكتوبة فيها فقلت له قد ذكرت في السبعين و اشرت اليه في كتب النظم و في كتاب الملك من الخمسائة و في كتاب صفة الكون و في كتب كثيرة من المائة و نيف فقال صحيح اذكرته من ذلك في اكثر كتبك غير انه مدغم مخلوط بغيره لا يفهمه الاالواصل و الواصل مستغن عن ذلك و لكن بحياتي يا جابر افرد فيه كتابا بالغا بالغا رمز و اختصر كثرة الكلام بما تضيف اليه كعادتك فاذاتم فاعرضه علي فقلت السمع والطاعه.

مدلول اين عبارت قريب بدين مضمون است كه گفتم اي استاد بزرگوار كتاب كدام يك از ابواب را اشاره كنم كه نشان مي دهد جابر مطالب را خوش طرح مي كرد و امام هر يك را شرح و تفصيل مي داد امام عليه السلام فرموده هنوز باب تامي ننوشته اي و اين هم كه تدوين كرده اي به رموز و اسرار و مفاتيح حروف و اعداد است - عرض كردم در هفتاد باب از آن نقل كرده ام و تدوين و تنظيم آن را به نظر آن حضرت رساندم فرموده صحيح است اما اكثر آنچه نوشته اي مدغم و نامعلوم و مرموز است آنها كه واصل هستند و مي دانند احتياجي به اين اسرار و رموز ندارند آنها هم كه مبتدي هستند اين مفاتيح را نمي شناسند و نمي فهمند بهتر است تا من زنده هستم يك جلد كتاب ساده و بدون رمز و اسرار بنويسي كه قابل فهم همه باشد و همانطور كه عادت به نوشتن مطالب ساده داري اسرار و رموز را كنار بگذار تا از مشكل و غموض مبري باشد و همه بفهمند عرض كردم به چشم اطاعت مي كنم و روي دستورات آن حضرت پانصد رساله نوشتم.

از اين بيان معلوم مي شود كه به دستور امام ششم عليه السلام كه دستور سهل و ساده و آسان بود توضيح كامل داد و جابر دو نوع رسائل در فنون طب و طبيعي و كيميا نوشته يك نوع در هفتاد رساله كه با رموز و مفاتيح بوده و ديگر پانصد رساله كه ساده و قابل فهم بوده است و پس از آن توضيح رسائل واضح خود را نگاشته.

جابر در وضع تكوين و طبيعيات چنين مي نويسد: و يقول مخاطبا الصادق (ع) و حق سيدي ذكرت ما فيه كفاية و بلاغ و يقول في كتاب الاحجار و حق سيدي كشفت و اوضحت الطريق به جان استادم سوگند كه توضيح او مرا بر آن داشت كه رسائل خود را در كمال كفايت و رسائي بنويسم و چنين كردم.

و باز در كتاب احجار كه سنگ شناسي باشد مي گويد به حق سيدي قسم به جان استادم كه معلوم مي شود جابر ارادت بسيار به سزائي و علاقه ي تام به امام ششم داشته كه سوگند خود را به جان او و به حق او ياد مي كند و مي گويد در سنگ شناسي آنچه لازم توضيح و كشف مطلب بوده دادم.

جابر در اكثر كتب خود كه بيش از صد و دويست جلد ياد كرده اند از امام صادق عليه السلام نقل مي كند و سوگند به نام و حق او ياد مي كند و توضيح او را بيان نموده مي ايستد [1] و در موارد متعدده تيمنا نام امام را به تعظيم و تقدير ياد مي كند و طريق تدريس عميق استاد را نقل مي نمايد.


يك روز جابر از استاد خود مي پرسد يابن رسول الله اين علوم و فنون را از كجا تحصيل كردي فرمود از علم نبوت و از طريق امامت جدم به من ارث رسيده است.

ان كتبه و رسالته جاءت اليه عن علم النبوه عن طريق الامام الصادق فيقول في ذلك و من الخواص ان الوقت في وصول هذه الكتب اليك ان قرب فقد قرب الوقت الذي حدثناك به في الكتب التي فيها الفصول النبويه فاعلم ذلك و لا تيأسوا من روح الله انه لايييس من روح الله الا القوم الكافرون.

معلوم مي شود درس امام صادق براي جابر وقت خاصي بود و باز از اين عبارات استفاده مي شود كه زمان و مكان و طريقه خاص درس او غير از دروس سايرين بود و امام عليه السلام جابر را تشويق و ترغيب بفنون علمي خود مي كرده و مي فرموده مأيوس از الطاف خفيه الهي مباش كه نور علم و دانش در دل تو پرتوافكن گردد - و به او مي فرمود در قنوت نماز دعا كن از خدا بخواه كه نور علم را در دل تو بتابد.