باقي ماندن حضرت بقية اله((عليه السلام)) در پس پرده ي غيبت روي علل و مصالحي است چون طبق ادله و براهمين محكم ما عقيده داريم كه خداي متعال عالم علي الاطلاق و حكيم است و هيچ كاري را بدون مصلحت انجام نمي دهد ولي از آنجايي كه مجهولات بشر فراوان بوده و هست و به قول قرآن كريم: «و ا اوتيتم من العلم الاقيلا; از علم و دانش جز بهره ي اندكي به شما داده نشده است» در بسياري از موارد فلسفه و مصالح احكام و پيش آمدها براي بشر نيز مجهول مي ماند البته راه نيافتن بشر به تمام مصالح و حكمت ها به وجود و هستي آنها ضرري نمي رساند.
در حديث از امام صادق((عليه السلام)) سؤال كردند كه حكمت غيبت دوازدهمين چانشين پيغمبر اسلام((صلي الله عليه وآله)) حضرت مهدي((عليه السلام)) در آخرالزمان چيست؟
چون روايات غيبت كبري را در آخرالزمان از قول پيغمبر((صلي الله عليه وآله)) زياد شنيده بودند آن حضرت فرمود وجه حكمت و فلسفه ي غيبت آن حضرت مكشوف نمي شود مگر بعد از ظهور او و ما هم مجاز نيستيم كه آن راز را بيان كنيم. اين امري است از امر خدا و سري است از اسرار او.
بنابراين چون خداوند حكيم است پس افعال او همه از روي حكمت است اگر چه وجه آن بر ما مكشوف نباشد.