اين كه چگونه حضرت مهدي (ع) از دنيا خواهد رفت، آيا به مرگ طبيعي يا غير طبيعي، برخي روايات ميگويند كه حضرت مدتي حكومت خواهد كرد، سپس وفات خواهد كرد و مسلمانان بر او نماز خواهند گزارد. روايات استفاده ميشود كه مرگ حضرت طبيعي نخواهد بود و به دست جنايتكاران (با مشخصاتي كه در روايات ذكر شده) به شهادت خواهد رسيد.
اما اين كه بعد از فوت يا شهادت حضرت چه وقايعي رخ خواهد داد: در روايت مفضل از امام صادق (ع) آمده است: در زمان حيات حضرت مهدي (عج) رجعت يعني زنده شدن برخي از خوبان و بدان به وقوع خواهد پيوست. بعد از اين كه سفياني به دست لشكر حضرت مهدي (عج) كشته شود، امام حسين (ع) با 12 هزار نفر از پاكان و 72 نفر شهيد كربلا زنده ميشوند، سپس حضرت علي (ع) و بعد رسول الله (ص) زنده ميشوند و حكومت ميكنند.
رجعت و زنده شدن دوبارة بعضي امامان گرچه در كتابهاي روايي آمده است، اما خالي از ابهامات نيست. مرحوم علامة طباطبايي فرمود: رجعت يكي از مراتب قيامت است، گرچه از لحاظ ظهور حقايق به پاية قيامت نميرسد زيرا در رجعت كه مرحلهاي از دنياي مادي است، امكان فساد هست، ولي در قيامت ابداً فسادي نيست. روز ظهور مهدي (عج) در اين خاصيت با روز رجعت شريك است زيرا در آن روز هم حق به طور كامل جلوه ميكند ولي ظهورش از ظهور رجععت ضعيفتر است. از امامان اهل بيت (ع) روايت شده كه ايام الله سه روز است: روز ظهور روز رجعت و روز قيامت. از اين جا معلوم ميشود كه چرا برخي آيات هم به قيامت و هم به روز رجعت و ظهور حضرت مهدي (عج) تفسير شده است.
در هر صورت رجعت برخي از صالحان در زمان حضور در حضرت مهدي و بعد از ايشان امكان عقلي دارد و دليل متقني بر انكار آن نيست، گرچه براي فهم آن ابهاماتي وجود دارد.