منشأ اختلافات بين شيعه واهل سنت، اختلاف در امامت بعد از رسول خدا(ص) است. اهل سنّت اعتقادي به منصوب شدن امامان دوازده گانه از طرف پيامبر ندراند ولي شيعه معتقد است كه پيامبر از طرف خدا، علي(ع) و فرزندان او را به عنوان امام و رهبر تعيين كرد و به مردم ابلاغ نمود كه آنان مبيّن و مفسر قرآن و آگاه به رمز و رموز و بطون آن هستند.
شيعيان در اعتقادات و در فروع دين تابع سلوك و تعليمات امامان(ع) بوده و معارف ديني را از آنان گرفته ومعتقدند كه امامان به قرآن آشناتر و به سنّت پيامبر آگاه تر از ديگران بودند. شيعة علي(ع) را برتر از بقية صحابة پيامبر مي دانند و او را آگاه تر و فقيه تر و عادل تر از بقيه مي شناسد، همين طور در زمان امام باقر و امام صادق(ع) اينان از ديگران مانند ابوحنيفه داناتر بوده اند. شيعه سنّت پيامبر را از طريق اهل بيت گرفته اند ولي اهل سنّت، سنّت پيامبر را از غير اهل بيت مي گيرند. در نتيجه در بسياري از مسائل مهم اعتقادي و فقهي درمانده اند و به گمان و اجتهادات شخصي استناد كرده اند. اختلاف در جبر و اختيار، امامت و رهبري و در احكام شرعي مانند كيفيت وضو، ارث، نماز و روزة مسافر از اين قبيل است.